多變量生態統計軟體PRIMER (Plymouth Routines In Multivariate Ecological Research) 是由一群單變量及多變量所組成的程式所組成.
影片介紹(以下影片大部份為英文)
教學影片 https://www.youtube.com/watch?v=2S8bvmagNr0&list=PL-W1dvsmEZ3KISwdig6X18dkQppJfcrYW
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建議使用手冊
PRIMER User Manual / Tutorial
Change in Marine Communities
PERMANOVA+ FOR PRIMER
全傑教學PPT
Sample data worksheet
- Resemblance - Create a resemblance matrix.
- CASWELL - Caswell's V statistics
- DIVERSE - Univariate diversity indices
- DOMDIS - Distance between k-dominance curves as a resemblance matrix.
- PCA - Principal Component Analysis
- SIMPER - Similarity/distance percentages, species/variable contributions.
- SIMPROF - Similarity profile, tests for structure in data.
- Summary Stats - Basic stats such as means and standard deviations.
Resemblance matrix worksheet
- CLUSTER - Hierarchical cluster analysis
- LINKTREE - Linkage trees
- UNCTREE - Unconstrained divisive clustering,
- krCLUSTER - clustering to a given number (k) of clusters.
- nMDS - Non-metric Multi-Dimensional Scaling.
- mMDS - Metric Multi-Dimensional Scaling.
- Combined MDS - nMDS combining two resemblance matrices
- ANOSIM - Analysis of similarities.
- BEST - Selects environmental variables, or species "best explaining" community pattern
- LINKTREE - Linkage trees.
- MVDISP - Multivariate Dispersion indices.
- RELATE - Testing matched similarity matrices.
- 2STAGE - Resemblance matrix for 2nd stage MDS.
- TAXDTEST - Taxonomic distinctness tests
- Bootstrap Averages - Calculates and plots bootstrap averages and confidence regions.
Variable information worksheet (taxonomic)
- TAXDTEST - Taxonomic distinctness tests.
Sample data worksheet
- Create PERMANOVA design - Create a new PERMANOVA design worksheet
PERMANOVA design worksheet
- Design Test - Perform a test on a PERMANOVA design.
Resemblance matrix worksheet
- Create PERMANOVA design - Create a new PERMANOVA design worksheet
- PERMANOVA - Permutational multivariate ANOVA based on distances.
- PERMDISP - Multivariate dispersions among groups.
- PCO - Principal coordinate analysis (metric MDS).
- DistLM - Distance based linear modelling
- dbRDA - Distance based redundancy analysis.
- CAP - Canonical analysis on principal coordinates.
- Distances among centroids - Distances between principal coordinate centroids.
PRIMER簡介中文
PRIMER基本教學1
PRIMER基本教學2
PRIMER基本教學3
01 Plot PPT
01 Plot
02 Cluster
03 Analyse
04 MDS
05 Analyse ETC1
05 Analyse ETC2
06 PerManova PPT
06 PerManova
07 Tree with MDS
08 BubblePie
09 Graph
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Transformation on raw and standardised data
PRIMER - analysing environmental data
Transforming biological data in PRIMER
Analysing biological data with PRIMER and PERMANOVA
Exploring relationships of environmental and biological data with PRIMER and PERMANOVA
Second stage analysis in PRIMER
nMDS -- how it works
PRIMER and ANOSIM
PRIMER/PERMANOVA+ Looking at the options
Variance heterogeneity and ANOVA
PERMANOVA "no replication"
Repeated measures designs
Using PERMANOVA+ to get p-vales for an ANOVA
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